主要分以下幾點不同：
一、兩者的作用不同：

1、超凈工作臺的作用：通過風機將空氣吸入預過濾器，經(jīng)由靜壓箱進入高效過濾器過濾，將過濾后的空氣以垂直或水平氣流的狀態(tài)送出，使操作區(qū)域達到百級潔凈度，保證生產(chǎn)對環(huán)境潔凈度的要求。

2、生物安全柜的作用：是防止實驗操作處理過程中某些含有危險性或未知性生物微粒發(fā)生氣溶膠散逸的箱型空氣凈化負壓安全裝置。

二、兩者分類不同：

1、超凈工作臺的分類：主要分兩類，一類是水平層流，另一類是垂直層流。根據(jù)操作結構分為單邊操作及雙邊操作兩種形式；

2、生物安全柜的分類：按照NSF49標準，生物安全等級1級（P1）的媒質是指普通無害細菌、病毒等微生物；生物安全等級2級（P2）的媒質是指一般性可致病細菌、病毒等微生物；生物安全等級3級（P3）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，但感染后可治愈；

生物安全等級4級（P4）的媒質是指烈性/致命細菌、病毒等微生物，感染后不易治愈。此標準將生物安全柜分為Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ級，可適用于不同生物安全等級媒質的操作。

三、兩者的用途不同：

1、超凈工作臺的用途：超凈工作臺是一種提供局部無塵無菌工作環(huán)境的單向流型空氣凈化設備。適用于醫(yī)藥衛(wèi)生、生物制藥、食品、醫(yī)學科學實驗、光學、電子、無菌室實驗、無菌微生物檢驗、植物組培接種等需要局部潔凈無菌工作環(huán)境的科研和生產(chǎn)部門。

也可連接成裝配生產(chǎn)線具有低噪聲、可移動性等特點。它的使用對改善工藝條件,提高產(chǎn)品質量和增大成品率均有良好效果。

2、生物安全柜的用途：廣泛應用于微生物學、生物醫(yī)學、基因工程、生物制品等領域的科研、教學、臨床檢驗和生產(chǎn)中，是實驗室生物安全中一級防護屏障中最基本的安全防護設備。